データのお砂場(116) R言語、fir、バルサムモミの苗を数える、{boot}

Joseph Halfmoon

前回は動物、アヒルというかマガモというかでした。今回は植物、バルサムモミ(Balsam-fir)です。当初、無知な老人は、なんだそれ?と思いました。しかし調べてみるとアレです。米国でクリスマスツリーというとこのモミの木が使われるみたいです。クリスマスツリーというだけで知っている感が出てまいりましたぞ。

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このところ、R言語のパッケージbootに含まれているサンプルデータセットを abc 順に経めぐっています。小さなサンプルデータセットの中にも、この世の不思議、世界の成り立ちが含まれておると。大きく出たな、ホントか?今回のデータセットは fir です。

Balsam-fir、バルサムモミ、カナディアン・バルサム

今回のサンプルデータセットは、Balsam-firの苗木に関するものです。Balsam-firについては、「カナダと日本をつなぐ貿易商社」『アクシスプランニング』様の以下のページを参照させていただきました。

樹種:バルサムファー

なかなか良質の木材らしく、ギターの本体に使用されることもあるのだとか。木目も真っすぐ、色も落ち着いていていい感じの材木に見えます。

しかし老人は「バルサム」という言葉に遥か太古の幼少期を思い出しましたぞ。無理を言って買ってもらった顕微鏡、それでみる試料を封止するために使った接着剤、バルサムと言わなかったか?当時から不器用、あんまり綺麗に接着できなかったのだけれども。今となっては何を観察したのかも忘却の彼方であります。実際この木の樹脂からは接着剤として使える「バルサム」が取れるようです。屈折率が良い感じなので昔の光学ガラス(レンズ)の接着には多用されたみたいです。オルソスコピック、ケルナー、ハイゲンス、望遠鏡のアイピースですな。オルソスコピックは高くて買えなかった。安いハイゲンスは除き、オルソとかケルナーはバルサム使っていたのか?知らんけど。ただし、光学ガラスの接着用にはもっと良い材料が開発されたので今ではあまり使われないみたいです。一方プレパラート試料の封入用には今だに販売されているみたい。工具の通販モノタロウ 様で「バルサム」検索するとボトル入りのバルサムが見つかります。ただしカナディアン・バルサムか否かは知らず。製法もいろいろあるみたいなので。

またバルサムはアロマテラピーにも使われているようです。短気で怒りっぽくなっている年寄にも効くのか?なお、低沸点な成分を集めるとテレピン(油)になるみたいです。これまたこの老人には昔懐かしい。高校の美術で油絵描くのに使ってました。テレピン油も製法はいろいろみたいなのでカナディアンかどうかは不明っすけど。

Counts of Balsam-fir Seedlings

さて今回のデータセットの解説ページが以下に

Counts of Balsam-fir Seedlings

5行10列にならんだ5フィート角のquadrantの中に生えているバルサム・モミの苗の数を数えたサンプルデータセットみたいです。quadrantで辞書引くと「4分円」みたいな訳がでてくるけれども上記ページには five foot square としっかり書いてあるので丸いわけはないよなあ。

まずは生データ

bootパッケージの中のサンプルデータセットなので忘れずに

library(boot)

この後データをみてみればこんな感じ。firRawData

5行10列にならんでいるcountの値のデータ・フレームです。これをどうしろというの?という感じっす。

とりあえずプロットしてお茶を濁す

今回のサンプル・データ・セットの料理の方法が皆目見当もつかないので、レベルプロットをしてお茶を濁すことにいたしました。レベルプロットの準備が以下に。

library(lattice)

そしてレベルプロットするためのコマンドが以下に

levelplot(fir$count~fir$col*fir$row)

これで5行10列のグリッドに配置されたquadrantの中に生えているバルサム・モミの苗の数は一目瞭然。seedingsLevelProt

区画によりかなりバラツキがあることは分かったです。テキトーに何区画かとったときに含まれる平均の苗の数など求めることにすれば「ブートストラップ法を適用」できるような気がしないでもないデス。今回は遠慮しておきます。

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